Conformément à ses statuts, Linux-Nantes a adopté la charte de fonctionnement suivante :

• Pas de prestation de service ou action en concurrence avec une entreprise.
• Non électoral : Linux-Nantes ne doit pas apparaître comme le soutien d’un parti ou d’un candidat.
• Les actions de Linux-Nantes sont réservées aux membres, les organisations autres étant soumises au statut de membre associé.
• Toute action doit être soumise au vote du Conseil d’Administration qui répond dans un délai court et connu d’avance.
• Toute opération de financement est possible, le fonctionnement devant être assuré par les cotisations afin de préserver l’indépendance de Linux-Nantes.
• Linux-Nantes ne fera pas d’action avec les organisations xénophobes ou visant à restreindre l’accès à l’information.